Walter Skinner est le Directeur Adjoint du FBI. Il est responsable des agents Scully et Mulder. On ne sait que peu de chose sur Walter Skinner. Il est ancien Marine et a été marié. Son ex-femme se nomme Shannon Skinner. Un épisode est consacré à la vie de Skinner et de son ex-femme.
Il est souvent opposé à Mulder et à ses méthodes.
Le Directeur Adjoint voie dans de nombreux épisodes “l’homme à la cigarette”. Il existe une relation curieuse entre ces deux personnages.
Il est important de noter que dans l’épisode “Coma”, Walter Skinner refuse la démission de Mulder et lui parle de sa croyance au surnaturel. Il dit à l’agent Mulder la phrase suivante :
“Le surnaturel me fait peur depuis cette expérience. Vous, vous ne craignez rien, c’est pour ça que votre démission est inacceptable.”